feat: 增强 command-guide skill 支持深度命令分析和 CLI 辅助查询

新增 Mode 6: 深度命令分析
- 创建 reference 备份目录（80个文档：11 agents + 69 commands）
- 支持简单查询（直接文件查找）和复杂查询（CLI 辅助分析）
- 集成 gemini/qwen 进行跨命令对比、最佳实践、工作流分析
- 添加查询复杂度自动分类和降级策略

更新文档
- SKILL.md: 添加 Mode 6 说明和 Reference Documentation 章节
- implementation-details.md: 添加完整的 Mode 6 实现逻辑
- 版本更新至 v1.3.0

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.claude/skills/command-guide/guides/cli-tools-guide.md

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-# CLI 智能工具指南
+# CLI 工具使用指南
 
-Gemini CLI 能够集成多种智能工具（如大型语言模型 LLM），以增强您的开发工作流。本指南将帮助您理解这些智能工具如何工作，以及如何有效地利用它们。
+> 从用户视角理解和使用 Gemini、Qwen、Codex 三大 CLI 工具
 
-## 1. 什么是智能工具？
+## 🎯 快速理解：CLI 工具是什么？
 
-智能工具是集成到 Gemini CLI 中的高级 AI 模型，它们能够理解自然语言、分析代码、生成文本和代码，并协助完成复杂的开发任务。它们就像您的智能助手，可以自动化重复性工作，提供洞察，并帮助您做出更好的决策。
+CLI 工具是集成在 Claude DMS3 中的**智能分析和执行助手**。你不需要记忆复杂的命令格式，只需用自然语言描述你想做什么，工具会自动完成。
 
-## 2. 核心工作原理
+**核心理念**：用自然语言描述需求 → CLI 工具理解并执行 → 返回结果
 
-Gemini CLI 中的智能工具遵循以下核心原则：
+---
 
--   **上下文感知**: 工具会理解您当前的项目状态、代码内容和开发意图，从而提供更相关的建议和操作。这意味着它们不会“凭空”回答问题，而是基于您的实际工作环境提供帮助。
--   **模块化**: 智能工具被设计为可互换的后端。您可以根据任务需求选择或组合不同的 LLM。例如，某些模型可能擅长代码生成，而另一些则擅长复杂推理。
--   **自动化与增强**: 智能工具可以自动化重复或复杂的任务（如生成样板代码、基础重构、测试脚手架），并通过提供智能建议、解释和问题解决协助来增强您的开发能力。
--   **用户控制与透明**: 您始终对工具的操作拥有最终控制权。工具会清晰地解释其建议的更改，并允许您轻松审查和修改。工具的选择和执行过程也是透明的。
+## 📋 三大工具能力对比
 
-详情可参考 `../../workflows/intelligent-tools-strategy.md`。
+| 工具 | 擅长领域 | 典型场景 | 何时使用 |
+|------|----------|----------|----------|
+| **Gemini** | 分析、理解、规划 | 代码分析、架构设计、问题诊断 | 需要深入理解代码或系统 |
+| **Qwen** | 分析、备选方案 | 代码审查、模式识别 | Gemini 不可用时的备选 |
+| **Codex** | 实现、测试、执行 | 功能开发、测试生成、自动化任务 | 需要生成代码或自动执行 |
 
-## 3. 智能工具的应用场景
+**简单记忆**：
+- 想**理解**什么 → Gemini / Qwen
+- 想**实现**什么 → Codex
 
-智能工具被集成到 CLI 工作流的多个关键点，以提供全面的帮助：
+---
 
--   **提示增强**: 优化您的输入提示，使智能工具更好地理解您的需求。
-    -   **命令**: `enhance-prompt`
--   **代码分析与审查**: 快速洞察代码，识别潜在问题，并提出改进建议。
-    -   **命令**: `analyze`, `chat`, `code-analysis`, `bug-diagnosis`
--   **规划与任务分解**: 协助将复杂问题分解为可管理的小任务，并生成实施计划。
-    -   **命令**: `plan`, `discuss-plan`, `breakdown`
--   **代码生成与实现**: 根据您的规范生成代码片段、函数、测试甚至整个模块。
-    -   **命令**: `execute`, `create`, `codex-execute`
--   **测试与调试**: 生成测试用例，诊断错误，并建议修复方案。
-    -   **命令**: `test-gen`, `test-fix-gen`, `tdd-plan`, `tdd-verify`
--   **文档生成**: 自动化代码、API 和项目模块的文档创建。
-    -   **命令**: `docs`, `skill-memory`, `update-full`, `update-related`
--   **工作流编排**: 智能选择和协调工具与代理来执行复杂的工作流。
-    -   **命令**: `workflow:status`, `resume`, `plan`, `execute` (工作流级别)
+## 🚀 如何调用：两种方式
 
-## 4. 如何选择和使用工具
+### 方式 1：语义调用（推荐，最优雅）
 
-Gemini CLI 允许您使用 `--tool` 标志来指定用于特定操作的智能工具。这为您提供了灵活性，可以根据任务的性质选择最合适的模型。
-
--   `--tool codex`: 优先使用 Codex（或兼容的专注于代码的 LLM）。非常适合精确的代码生成、重构和类似 linting 的任务。
-    -   **何时使用**: 当您需要生成高质量代码、进行代码审查或修复代码错误时。
--   `--tool gemini`: 优先使用 Gemini（或兼容的通用 LLM）。擅长复杂的推理、更广泛的分析、规划和自然语言理解任务。
-    -   **何时使用**: 当您需要进行高层次的规划、理解复杂概念或进行广泛的代码库分析时。
--   `--tool qwen`: 优先使用 Qwen（或兼容的特定领域/语言 LLM）。适用于需要专业知识或特定语言支持的任务。
-    -   **何时使用**: 当您的项目涉及特定技术栈或需要特定语言的专业知识时。
--   **(默认/自动)**: 如果未指定工具，CLI 会根据任务上下文和可用配置智能地选择最合适的工具。
-
-**示例**:
+**通过 workflow 命令**，用自然语言描述需求，系统自动选择合适的 CLI 工具：
 
 ```bash
-# 使用 Gemini 进行项目规划
-gemini plan --tool gemini "设计一个新的微服务架构"
+# 自动规划和分析
+/workflow:plan "实现用户认证功能"
 
-# 使用 Codex 生成代码
-gemini execute --tool codex "task-id-for-code-generation"
+# 自动执行实现
+/workflow:execute
 
-# 使用 Qwen 分析特定领域的代码
-gemini analyze --tool qwen "分析医疗数据处理模块"
+# 自动生成测试
+/workflow:test-gen WFS-xxx
 ```
 
-通过理解这些智能工具及其用法，您可以更有效地利用 Gemini CLI，加速您的开发过程。
+**优点**：
+- ✅ 无需指定工具，系统自动选择
+- ✅ 自然语言描述，无需记忆格式
+- ✅ 集成完整工作流
+
+**适用场景**：日常开发任务、标准工作流
+
+---
+
+### 方式 2：直接命令调用（精确控制）
+
+**直接调用特定 CLI 工具**，适合需要精确控制的场景：
+
+#### Gemini/Qwen（分析类）
+
+```bash
+# 基础格式
+/cli:analyze --tool gemini "分析认证模块的安全性"
+
+# 带增强模式
+/cli:analyze --tool gemini --enhance "代码执行流程追踪"
+
+# 指定工作目录
+/cli:analyze --tool gemini --cd src/auth "分析当前模块"
+```
+
+#### Codex（实现类）
+
+```bash
+# 基础执行
+/cli:execute --tool codex "实现 JWT 令牌刷新机制"
+
+# 自动化执行（YOLO 模式）
+/cli:codex-execute "实现用户登录功能"
+
+# 使用 agent 模式
+/cli:execute --agent --tool codex "重构认证服务"
+```
+
+**优点**：
+- ✅ 精确指定工具和模式
+- ✅ 灵活的参数控制
+- ✅ 适合高级用户
+
+**适用场景**：特定工具需求、自定义参数、高级控制
+
+---
+
+## 💡 能力特性清单
+
+### Gemini 能力
+
+**🔍 深度分析**
+- 执行流程追踪
+- 依赖关系分析
+- 代码模式识别
+- 架构评审
+
+**🎯 规划设计**
+- 架构设计
+- 技术方案评估
+- 任务分解
+- 迁移策略
+
+**📚 文档生成**
+- API 文档
+- 模块说明
+- 使用指南
+
+**使用示例**：
+```bash
+# 追踪代码执行流程
+/cli:analyze --tool gemini "追踪用户登录的完整流程"
+
+# 架构设计
+/cli:mode:plan --tool gemini "设计微服务通信架构"
+
+# 代码模式分析
+/cli:analyze --tool gemini "识别项目中的设计模式"
+```
+
+---
+
+### Qwen 能力
+
+**作为 Gemini 的备选方案**，能力基本相同：
+- 代码分析
+- 模式识别
+- 架构评审
+
+**何时使用**：
+- Gemini 不可用
+- 需要第二意见
+- 特定领域分析
+
+**使用示例**：
+```bash
+# Gemini 不可用时的备选
+/cli:analyze --tool qwen "分析数据处理模块"
+
+# 并行使用获取多角度分析
+/cli:analyze --tool gemini "分析认证模块" &
+/cli:analyze --tool qwen "分析认证模块"
+```
+
+---
+
+### Codex 能力
+
+**⚡ 代码实现**
+- 功能开发
+- 组件实现
+- API 创建
+- UI 组件
+
+**🧪 测试生成**
+- 单元测试
+- 集成测试
+- 测试用例
+- TDD 支持
+
+**🔧 代码重构**
+- 结构优化
+- 性能改进
+- 代码清理
+
+**🤖 自动化执行**
+- 完整功能实现
+- Bug 修复
+- 批量操作
+
+**使用示例**：
+```bash
+# 功能实现
+/cli:execute --tool codex "实现用户注册功能，包含邮箱验证"
+
+# 测试生成
+/workflow:test-gen WFS-session-id
+
+# 自动化执行（YOLO 模式）
+/cli:codex-execute --verify-git "重构认证服务，使用依赖注入"
+
+# Bug 修复
+/cli:mode:bug-diagnosis --tool codex "修复登录超时问题"
+```
+
+---
+
+## 🎓 使用场景决策树
+
+```mermaid
+graph TD
+    A[我想...] --> B{是分析还是实现?}
+    B -->|分析理解| C[使用 Gemini/Qwen]
+    B -->|实现开发| D[使用 Codex]
+
+    C --> C1{具体需求?}
+    C1 -->|理解代码流程| C2[/cli:mode:code-analysis]
+    C1 -->|诊断bug| C3[/cli:mode:bug-diagnosis]
+    C1 -->|设计架构| C4[/cli:mode:plan]
+    C1 -->|一般分析| C5[/cli:analyze]
+
+    D --> D1{具体需求?}
+    D1 -->|完整功能| D2[/cli:codex-execute]
+    D1 -->|精确控制| D3[/cli:execute]
+    D1 -->|生成测试| D4[/workflow:test-gen]
+    D1 -->|标准流程| D5[/workflow:execute]
+```
+
+---
+
+## 🔄 典型使用场景
+
+### 场景 1：理解陌生代码库
+
+**需求**：接手新项目，需要快速理解代码结构
+
+**推荐方式**：
+```bash
+# 1. 整体架构分析
+/cli:analyze --tool gemini "分析整个项目的架构设计和模块关系"
+
+# 2. 关键流程追踪
+/cli:mode:code-analysis --tool gemini "追踪用户注册的完整流程"
+
+# 3. 识别技术栈
+/cli:analyze --tool gemini "识别项目使用的技术栈和设计模式"
+```
+
+---
+
+### 场景 2：实现新功能
+
+**需求**：实现用户认证功能
+
+**推荐方式**（语义调用）：
+```bash
+# 完整工作流
+/workflow:plan --agent "实现用户认证功能，包括注册、登录、JWT 令牌"
+/workflow:execute
+/workflow:test-gen WFS-xxx
+```
+
+**或直接调用**（精确控制）：
+```bash
+# 直接实现
+/cli:codex-execute "实现用户认证功能：
+- 用户注册（邮箱+密码）
+- 登录验证
+- JWT 令牌生成和刷新
+- 密码加密存储
+"
+```
+
+---
+
+### 场景 3：诊断 Bug
+
+**需求**：登录功能偶尔超时
+
+**推荐方式**：
+```bash
+# 1. 诊断问题
+/cli:mode:bug-diagnosis --tool gemini "诊断登录超时问题"
+
+# 2. 分析执行流程
+/cli:mode:code-analysis --tool gemini "追踪登录请求的完整执行路径"
+
+# 3. 修复问题（如果需要）
+/cli:execute --tool codex "修复登录超时问题，基于上述分析结果"
+```
+
+---
+
+### 场景 4：代码重构
+
+**需求**：重构认证模块，提高可维护性
+
+**推荐方式**：
+```bash
+# 1. 分析现状
+/cli:analyze --tool gemini "评估当前认证模块的代码质量和可维护性"
+
+# 2. 制定计划
+/cli:mode:plan --tool gemini "制定认证模块重构方案"
+
+# 3. 执行重构
+/cli:execute --tool codex "重构认证模块，按照上述计划执行"
+
+# 4. 生成测试
+/workflow:test-gen WFS-xxx
+```
+
+---
+
+### 场景 5：生成文档
+
+**需求**：为 API 模块生成文档
+
+**推荐方式**：
+```bash
+# 自动生成文档
+/memory:docs src/api --tool gemini --mode full
+```
+
+---
+
+## 🎯 最佳实践
+
+### ✅ 推荐做法
+
+1. **默认使用语义调用**
+   - 通过 `/workflow:*` 命令描述需求
+   - 让系统自动选择合适的工具
+
+2. **分析用 Gemini，实现用 Codex**
+   - 理解问题 → Gemini
+   - 解决问题 → Codex
+
+3. **善用 --enhance 参数**
+   - 让提示自动优化，提高结果质量
+   ```bash
+   /cli:analyze --enhance "分析认证模块"
+   ```
+
+4. **指定工作目录减少噪音**
+   ```bash
+   /cli:analyze --cd src/auth "分析当前模块"
+   ```
+
+5. **并行使用获得多角度**
+   ```bash
+   /cli:analyze --tool gemini "分析方案A"
+   /cli:analyze --tool qwen "分析方案A"  # 对比结果
+   ```
+
+---
+
+### ❌ 避免做法
+
+1. **不要混淆工具职责**
+   - ❌ 用 Gemini 实现功能
+   - ❌ 用 Codex 做架构分析
+
+2. **不要忽略工作目录**
+   - ❌ 在项目根目录分析单个模块
+   - ✅ 使用 `--cd` 切换到目标目录
+
+3. **不要直接编写技术规范**
+   - ❌ 手动构造复杂的 RULES 模板
+   - ✅ 使用 `--enhance` 让系统优化
+
+---
+
+## 🔍 进阶技巧
+
+### 技巧 1：链式分析
+
+```bash
+# 步骤 1：理解现状
+/cli:analyze --tool gemini "分析当前认证实现" > analysis.md
+
+# 步骤 2：基于分析结果制定计划
+/cli:mode:plan --tool gemini "基于 analysis.md，制定改进方案"
+
+# 步骤 3：执行改进
+/cli:execute --tool codex "按照改进方案执行"
+```
+
+---
+
+### 技巧 2：使用 Agent 模式
+
+Agent 模式让 CLI 工具更自主地执行任务：
+
+```bash
+# 标准模式（需要明确指令）
+/cli:execute --tool codex "实现用户登录"
+
+# Agent 模式（更自主，可自行决策）
+/cli:execute --agent --tool codex "实现用户认证系统"
+```
+
+**何时使用 Agent**：
+- 任务复杂，需要多步决策
+- 需要工具自主探索代码库
+- 信任工具的判断
+
+---
+
+### 技巧 3：自定义提示增强
+
+```bash
+# 使用预定义模板增强
+/cli:analyze --enhance "分析认证模块安全性"
+
+# 系统会自动：
+# 1. 识别任务类型（安全分析）
+# 2. 选择合适模板
+# 3. 优化提示词
+# 4. 执行分析
+```
+
+---
+
+## 📚 快速参考
+
+### 常用命令速查
+
+| 需求 | 命令 | 示例 |
+|------|------|------|
+| 代码分析 | `/cli:analyze` | `/cli:analyze --tool gemini "分析auth模块"` |
+| Bug 诊断 | `/cli:mode:bug-diagnosis` | `/cli:mode:bug-diagnosis "登录超时"` |
+| 功能实现 | `/cli:codex-execute` | `/cli:codex-execute "实现用户注册"` |
+| 架构规划 | `/cli:mode:plan` | `/cli:mode:plan "设计微服务架构"` |
+| 生成测试 | `/workflow:test-gen` | `/workflow:test-gen WFS-xxx` |
+| 完整工作流 | `/workflow:plan` + `/workflow:execute` | 最推荐的标准流程 |
+
+---
+
+### 参数速查
+
+| 参数 | 作用 | 示例 |
+|------|------|------|
+| `--tool <gemini\|qwen\|codex>` | 指定CLI工具 | `--tool gemini` |
+| `--enhance` | 自动优化提示 | `--enhance` |
+| `--agent` | 启用Agent模式 | `--agent` |
+| `--cd <路径>` | 切换工作目录 | `--cd src/auth` |
+| `--verify-git` | Git状态验证 | `--verify-git` |
+
+---
+
+## 🆘 常见问题
+
+### Q: 我该用哪个工具？
+
+**A**: 记住简单规则：
+- 想**理解/分析/规划** → Gemini
+- 想**实现/测试/执行** → Codex
+- 不确定 → 用 `/workflow:*` 让系统选
+
+---
+
+### Q: 语义调用和命令调用有什么区别？
+
+**A**:
+- **语义调用**（`/workflow:*`）：自然语言描述，系统自动选工具，适合日常
+- **命令调用**（`/cli:*`）：手动指定工具和参数，适合高级控制
+
+---
+
+### Q: 什么时候用 Agent 模式？
+
+**A**: Agent 模式更自主，适合：
+- 复杂任务需要多步决策
+- 信任工具的判断
+- 想让工具自主探索
+
+**不适合**：
+- 精确控制每一步
+- 不确定工具行为
+- 简单任务
+
+---
+
+### Q: 如何提高结果质量？
+
+**A**:
+1. 使用 `--enhance` 自动优化提示
+2. 明确描述需求和期望
+3. 指定工作目录减少噪音（`--cd`）
+4. 提供上下文（已有的分析、相关代码）
+
+---
+
+## 📖 相关文档
+
+- [Intelligent Tools Strategy](../../workflows/intelligent-tools-strategy.md) - 技术规范和高级配置
+- [Workflow Patterns](workflow-patterns.md) - 标准工作流模式
+- [Getting Started](getting-started.md) - 快速入门指南
+- [Troubleshooting](troubleshooting.md) - 问题排查
+
+---
+
+**最后更新**: 2025-11-06