refactor: 移除图索引功能，修复内存泄露，优化嵌入生成

主要更改:

1. 移除图索引功能 (graph indexing)
   - 删除 graph_analyzer.py 及相关迁移文件
   - 移除 CLI 的 graph 命令和 --enrich 标志
   - 清理 chain_search.py 中的图查询方法 (370行)
   - 删除相关测试文件

2. 修复嵌入生成内存问题
   - 重构 generate_embeddings.py 使用流式批处理
   - 改用 embedding_manager 的内存安全实现
   - 文件从 548 行精简到 259 行 (52.7% 减少)

3. 修复内存泄露
   - chain_search.py: quick_search 使用 with 语句管理 ChainSearchEngine
   - embedding_manager.py: 使用 with 语句管理 VectorStore
   - vector_store.py: 添加暴力搜索内存警告

4. 代码清理
   - 移除 Symbol 模型的 token_count 和 symbol_type 字段
   - 清理相关测试用例

测试: 760 passed, 7 skipped

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Co-Authored-By: Claude Opus 4.5 <noreply@anthropic.com>

codex-lens/tests/test_entities.py

@@ -204,8 +204,6 @@ class TestEntitySerialization:
             "kind": "function",
             "range": (1, 10),
             "file": None,
-            "token_count": None,
-            "symbol_type": None,
         }
 
     def test_indexed_file_model_dump(self):