feat: Add command relationships and essential commands JSON files

- Introduced command-relationships.json to define relationships between various commands.
- Created essential-commands.json to provide detailed descriptions and usage scenarios for key commands.
- Implemented update-index.sh script for maintaining command index files, including backup and validation processes.
- Added templates for bug reports, feature requests, and questions to streamline issue reporting and feature suggestions.

.claude/skills/command-guide/guides/cli-tools-guide.md

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+# CLI 智能工具指南
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+Gemini CLI 能够集成多种智能工具（如大型语言模型 LLM），以增强您的开发工作流。本指南将帮助您理解这些智能工具如何工作，以及如何有效地利用它们。
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+## 1. 什么是智能工具？
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+智能工具是集成到 Gemini CLI 中的高级 AI 模型，它们能够理解自然语言、分析代码、生成文本和代码，并协助完成复杂的开发任务。它们就像您的智能助手，可以自动化重复性工作，提供洞察，并帮助您做出更好的决策。
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+## 2. 核心工作原理
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+Gemini CLI 中的智能工具遵循以下核心原则：
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+-   **上下文感知**: 工具会理解您当前的项目状态、代码内容和开发意图，从而提供更相关的建议和操作。这意味着它们不会“凭空”回答问题，而是基于您的实际工作环境提供帮助。
+-   **模块化**: 智能工具被设计为可互换的后端。您可以根据任务需求选择或组合不同的 LLM。例如，某些模型可能擅长代码生成，而另一些则擅长复杂推理。
+-   **自动化与增强**: 智能工具可以自动化重复或复杂的任务（如生成样板代码、基础重构、测试脚手架），并通过提供智能建议、解释和问题解决协助来增强您的开发能力。
+-   **用户控制与透明**: 您始终对工具的操作拥有最终控制权。工具会清晰地解释其建议的更改，并允许您轻松审查和修改。工具的选择和执行过程也是透明的。
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+详情可参考 `../../workflows/intelligent-tools-strategy.md`。
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+## 3. 智能工具的应用场景
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+智能工具被集成到 CLI 工作流的多个关键点，以提供全面的帮助：
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+-   **提示增强**: 优化您的输入提示，使智能工具更好地理解您的需求。
+    -   **命令**: `enhance-prompt`
+-   **代码分析与审查**: 快速洞察代码，识别潜在问题，并提出改进建议。
+    -   **命令**: `analyze`, `chat`, `code-analysis`, `bug-diagnosis`
+-   **规划与任务分解**: 协助将复杂问题分解为可管理的小任务，并生成实施计划。
+    -   **命令**: `plan`, `discuss-plan`, `breakdown`
+-   **代码生成与实现**: 根据您的规范生成代码片段、函数、测试甚至整个模块。
+    -   **命令**: `execute`, `create`, `codex-execute`
+-   **测试与调试**: 生成测试用例，诊断错误，并建议修复方案。
+    -   **命令**: `test-gen`, `test-fix-gen`, `tdd-plan`, `tdd-verify`
+-   **文档生成**: 自动化代码、API 和项目模块的文档创建。
+    -   **命令**: `docs`, `skill-memory`, `update-full`, `update-related`
+-   **工作流编排**: 智能选择和协调工具与代理来执行复杂的工作流。
+    -   **命令**: `workflow:status`, `resume`, `plan`, `execute` (工作流级别)
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+## 4. 如何选择和使用工具
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+Gemini CLI 允许您使用 `--tool` 标志来指定用于特定操作的智能工具。这为您提供了灵活性，可以根据任务的性质选择最合适的模型。
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+-   `--tool codex`: 优先使用 Codex（或兼容的专注于代码的 LLM）。非常适合精确的代码生成、重构和类似 linting 的任务。
+    -   **何时使用**: 当您需要生成高质量代码、进行代码审查或修复代码错误时。
+-   `--tool gemini`: 优先使用 Gemini（或兼容的通用 LLM）。擅长复杂的推理、更广泛的分析、规划和自然语言理解任务。
+    -   **何时使用**: 当您需要进行高层次的规划、理解复杂概念或进行广泛的代码库分析时。
+-   `--tool qwen`: 优先使用 Qwen（或兼容的特定领域/语言 LLM）。适用于需要专业知识或特定语言支持的任务。
+    -   **何时使用**: 当您的项目涉及特定技术栈或需要特定语言的专业知识时。
+-   **(默认/自动)**: 如果未指定工具，CLI 会根据任务上下文和可用配置智能地选择最合适的工具。
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+**示例**:
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+```bash
+# 使用 Gemini 进行项目规划
+gemini plan --tool gemini "设计一个新的微服务架构"
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+# 使用 Codex 生成代码
+gemini execute --tool codex "task-id-for-code-generation"
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+# 使用 Qwen 分析特定领域的代码
+gemini analyze --tool qwen "分析医疗数据处理模块"
+```
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+通过理解这些智能工具及其用法，您可以更有效地利用 Gemini CLI，加速您的开发过程。