docs: 更新所有命令描述并重新生成索引文件

- 更新所有69个命令文件的description字段，基于实际功能重新生成详细描述
- 重新生成5个索引文件（all-commands, by-category, by-use-case, essential-commands, command-relationships）
- 移动analyze_commands.py到scripts/目录并完善功能
- 移除临时备份文件

命令描述改进示例：
- workflow:plan: 增加了工具和代理的详细说明（Gemini, action-planning-agent）
- cli:execute: 说明了YOLO权限和多种执行模式
- memory:update-related: 详细说明了批处理策略和工具回退链

索引文件改进：
- usage_scenario从2种扩展到10种（更精细分类）
- command-relationships覆盖所有69个命令
- 区分built-in（内置调用）和sequential（用户顺序执行）关系

🤖 Generated with [Claude Code](https://claude.com/claude-code)

Co-Authored-By: Claude <noreply@anthropic.com>

.claude/commands/cli/codex-execute.md

@@ -1,6 +1,6 @@
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 name: codex-execute
-description: Automated task decomposition and execution with Codex using resume mechanism
+description: Multi-stage Codex execution with automatic task decomposition into grouped subtasks using resume mechanism for context continuity
 argument-hint: "[--verify-git] task description or task-id"
 allowed-tools: SlashCommand(*), Bash(*), TodoWrite(*), Read(*), Glob(*)
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