docs: 更新所有命令描述并重新生成索引文件

- 更新所有69个命令文件的description字段，基于实际功能重新生成详细描述
- 重新生成5个索引文件（all-commands, by-category, by-use-case, essential-commands, command-relationships）
- 移动analyze_commands.py到scripts/目录并完善功能
- 移除临时备份文件

命令描述改进示例：
- workflow:plan: 增加了工具和代理的详细说明（Gemini, action-planning-agent）
- cli:execute: 说明了YOLO权限和多种执行模式
- memory:update-related: 详细说明了批处理策略和工具回退链

索引文件改进：
- usage_scenario从2种扩展到10种（更精细分类）
- command-relationships覆盖所有69个命令
- 区分built-in（内置调用）和sequential（用户顺序执行）关系

🤖 Generated with [Claude Code](https://claude.com/claude-code)

Co-Authored-By: Claude <noreply@anthropic.com>

.claude/commands/workflow/brainstorm/subject-matter-expert.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 ---
 name: subject-matter-expert
-description: Generate or update subject-matter-expert/analysis.md addressing guidance-specification discussion points
+description: Generate or update subject-matter-expert/analysis.md addressing guidance-specification discussion points for domain expertise perspective
 argument-hint: "optional topic - uses existing framework if available"
 allowed-tools: Task(conceptual-planning-agent), TodoWrite(*), Read(*), Write(*)
 ---